طالبان بر سر پیروزی و قبضه‌ی قدرت اتفاق داشتند، ولی عمر اتحاد برای پیروزی بسیار کوتاه بود و پس از شکست دشمن مشترک اختلاف و نزاع اجتناب‌ناپذیر شد. جنبش‌های ستیزه‌جو وقتی به قدرت می‌رسند این‌گونه است: تا لحظه‌ی پیروزی و شکست دشمن آن‌ها یک بلوک متحد را تشکیل می‌دهند و با اتحاد دشمن، اختلافات داخلی نادیده گرفته می‌شود. پس از پیروزی اما لحظه‌ای فرامی‌رسد که آن‌ها قدرت را به دست می‌گیرند و عامل انسجام به‌یک‌باره ناپدید می‌شود، شیرازه‌ی اتحاد از هم می‌پاشد و نیروی گریز از مرکز شروع به مخالفت می‌کند. اختلافات کنونی در بدنه‌ی اصلی طالبان آشکارا نشان داد که این گروه نیز از این قاعده مستثنا نیست؛ زیرا بلافاصله پس از تشکیل دولت موقت، میان این گروه درگیری جدی رخ داده است. بر اساس گزارش هشت صبح «هبت‌الله شماری از فرماندهان محلی طالبان در ولایت‌ها را که به سراج‌الدین حقانی نزدیکی و تمایل داشته‌اند، احضار کرده و هشدارهای لازم را به آن‌ها داده است. او به برخی از این فرماندهان گفته است که اگر به دنبال وظیفه و امتیازات بیشتری هستند، بهتر است به‌جای کابل، به قندهار مراجعه کنند. اخیراً شماری از فرماندهان طالبان از ولایت‌های نیمروز و فراه برای دیدار با سراج‌الدین حقانی، وزیر داخله گروه طالبان و رهبر شبکه حقانی، به کابل رفته بودند. این فرماندهان از تغییرات و تبدیلاتی که از سوی هبت‌الله صورت گرفته، ابراز نارضایتی کرده‌اند».
مشروعیت داخلی عامل مهمی در زمان تشکیل دولت موقت توسط طالبان بود. این جنبش ازنظر جامعه‌شناختی کمتر از قبل همگِن است و بیشترین اختلافات بین طالبان قندهاری (گروه اصلی) و گروه حقانی (جنبش مستقل از زمان جنگ سرد) است. ضرب‌آهنگ اختلاف به شکلی بسیار کند و آرام از آغاز تسخیر دوبارۀ کابل و به قدرت رسیدن طالبان، میان ملا هبت‌الله، رهبر طالبان و سراج‌الدین حقانی، وزیر داخله این گروه آغاز شد. این دو جناح مخالف در ارگ کابل باهم نزاع کرده بودند. دلیل آن اختلاف بر سر این بود که چه کسی در جنگ و شورش و پیروزی سهم بیشتری داشته است و اکنون کدام گروه باید سهم بیشتری از قدرت داشته باشد.
جنگ قدرت میان امیر و خلیفه فراز و نشیب‌های زیادی را سپری کرد. اکنون اما، نشانه‌هایی وجود دارند که این جنگ به اوج خود رسیده است، تا جایی که عملاً امارت طالبان را به دو بخش تقسیم نموده؛ قندهار و کابل!
جناح حقانی از تقسیم قدرت خشنود نیست. این گروه که به‌مثابه‌ی هوش نظامی طالبان و نیروی تسخیرگر بخش‌های تسخیرناپذیر شناخته می‌شد، اکنون ادعا می‌کند که دوران استراحت فرارسیده و سراج‌الدین حقانی باید در کاخ صدارت تکیه زند و یا دست‌کم وزارت دفاع را نیز به تسخیر خود درآورد. گرچه در حال حاضر این گروه دو وزارتخانه‌ی داخله و وزارت پناهندگان را اشغال کرده‌اند، ازنظر آن‌ها اما موازنه‌ی دقیق قدرت و تخصیص اختیارات حکومتی به‌درستی رعایت نشده و پست‌های کنونی در برابر 20 سال جنگ طاقت‌فرسا که این گروه انجام داده بسیار ناچیز است و تخصیص اختیارات حکومتی به این گروه باید فراتر از این‌ها باشد. اگر جایگاه سیاسی کنونی سراج‌الدین حقانی را با دوران اختر منصور هم مقایسه کنیم، ازنظر حقانی‌ها وی دچار تنزل رتبه شده است، زیرا اختر منصور او را در پست معاونت خود منصوب کرده بود تا هم در جریان فعالیت‌ها و دادوستدهای وی قرار گیرد و هم اندکی از نافرمانی او بکاهد. بنابراین، آنچه می‌توانست آن‌ها را قانع کند، مقام صدارت بود.
حقانی‌ها که قبلاً هم در زمان جلال‌الدین، بنیان‌گذار شبکه، زور بازوی خود را به مجاهدین و طالبان نشان داده بودند، پیش از انتخاب هبت‌الله آخوندزاده به‌عنوان رهبر، به ملا برادر پیام داده بودند که با کارت‌های خود برای تحکیم قدرت در درون طالبان بازی خواهند کرد. بنابراین، ممکن است خواست صدارت از سوی حقانی‌ها بر اساس معاملات و توافقات آن‌ها قبل از تصرف کابل باشد؛ معاملاتی که پست‌های سیاسی، خطوط قومی، قبیله‌ای و سیاسی را مشخص کرده بود. اکنون‌که آن مذاکرات قدرت به شکل درست تطبیق نمی‌شود، طالبان را به دو جناح مخالف تقسیم کرده و عملاً شاهد یک امارت و دو پایتخت هستیم.
